El retablo gótico de la iglesia de Jesús está considerada la obra de arte más extraordinaria de cuántas se conservan en las iglesias de Ibiza y el rostro de la Virgen del cuerpo central, uno de los más bellos de la iconografía medieval en España.
El hecho de que una iglesia modesta albergue una pieza tan importante sigue siendo un misterio, aunque algunos historiadores coinciden en señalar que tal vez fue realizada para otro templo franciscano y acabó siendo enviada a la isla. Es obra de los pintores valencianos Rodrigo de Osona y su hijo Francisco, que la terminaron entre finales del Siglo XV y principios del XVI. Los autores, de tradición hispanoflamenca, la realizaron siguiendo los cánones del gótico, aunque introdujeron algunos elementos del renacimiento.
Tiene una altura de 7,5 metros por 5,10 de ancho y alberga un total de 25 tablas, con una presencia constante de pan de oro. El retablo arranca con una predela con siete tablas, con las siguientes imágenes de izquierda a derecha: la Anunciación de María, la Natividad del Señor, la Adoración de los Reyes Magos, la Resurreción de Cristo (en el centro, con un tamaño un poco más grande), la Ascensión del Señor, Pentecostés y el Tránsito de María.
El cuerpo principal está dividido en tres calles verticales, con dos tablas cada una. La más importante es la central, con una imagen de la Virgen entronizada, con el niño Jesús en los brazos. Sobre ella, San Francisco de Asís recibiendo los estigmas y, en el ático, la misa de San Gregorio Papa. La parte derecha del cuerpo principal está ocupado por representaciones de San Marcos Evangelista y un santo franciscano (arriba). A la izquierda, San Pedro Apóstol (abajo) y San Juan Bautista.
Todo el conjunto está enmarcado por una sucesión de tablas pequeñas que, comenzando por abajo a la izquierda y en el sentido de las agujas del reloj, representan a San Sebastián, San Onofre, San Luis de Tolosa, San Vicente Ferrer, San Juan Evangelista, Cristo en Majestad (muy deteriorada, en lo alto), un santo con hábito dominico, Santa Catalina de Alejandría, San Nicolás de Bari, San Bernardo y San Roque.