Existen pruebas de documentales de que la iglesia de Jesús ya estaba en construcción en el año 1466. A finales del siglo XV la habitaban frailes franciscanos, lo que sin duda explica la presencia del extraordinario retablo gótico del altar mayor, atribuido a Rodrigo y Francisco de Osona, considerado la pieza artística más valiosa de cuantas se exhiben en los templos de Ibiza.
La iglesia fue ampliada a mediados del siglo XVI, alargando la nave con un nuevo tramo más alto y cubierto con bóveda de crucería, donde se asienta el presbiterio y el retablo gótico. El resto está cubierto con bóveda de cañón. Las obras se inauguraron en 1549 y pocos años más tarde, en 1580, fue entregada a los frailes dominicos, nada más establecerse en la isla.
En aquellos tiempos, los corsarios berberiscos asaltaban continuamente la costa pitiusa y la playa de Talamanca era uno de sus puntos habituales de desembarco. Por esta razón, los dominicos decidieron trasladarse al interior de las murallas de la capital, aún en construcción, donde en 1592 comenzaron a erigir un nuevo convento, hoy sede del Ayuntamiento de la ciudad. Sin embargo, mantuvieron la custodia de la iglesia de Jesús hasta 1674.
El templo era frecuentado sobre todo por gentes de la mar y campesinos que vivían fuera de las murallas de la ciudad. Además, era considerado lugar de peregrinación y muchos ibicencos acudían a ella desde todos los pueblos de la isla para cumplir una promesa, tras un año de sequía o al retornar al hogar tras un temporal en la mar o una confrontación corsaria.
En 1785, tras la creación del Obispado de Ibiza y la llegada del primero obispo, Manuel Abad y Lasierra, la iglesia de Jesús se convirtió en parroquia, ya que hasta entonces había ejercido como vicaría de la Catedral de Santa María. El templo sufrió nuevas modificaciones, como la creación de la capella fonda (capilla honda), quedando con seis capillas laterales, y el porche anexo, de columnas y arcos, erigido a finales del siglo XIX y principios del XX. Junto a ella se ubican también las viviendas del rector y del vicario.