La iglesia de Es Cubells nació gracias al impulso del religioso carmelita, Francesc Palau, que se afincó en la parroquia y solicitó a Roma licencia para construir una ermita dedicada a la Virgen del Carmen, ya que consideraba que los residentes en la zona estaban muy lejos del templo más próximo, en Sant Josep. La carta fue enviada en 1855 y la respuesta de Roma llegó casi una década después, convertida en autorización para habilitar un oratorio privado en su propia casa.
En 1864 se inauguró la pequeña capilla. Unos años después dejaron de celebrarse misas y el pequeño templo fue habitado por ermitaños y agricultores. En 1933 por fin se funda la parroquia de Es Cubells, iniciándose las obras de una iglesia mayor, en 1941. Los trabajos sufrieron diversos parones y no se remataron hasta 1958. Por esta razón, la iglesia de Es Cubells es la más reciente de las que siguen el estilo arquitéctonico rural típico de la isla.
La vieja ermita fue incorporada al nuevo proyecto como presbiterio. El templo es de pequeñas dimensiones, con una sola nave que se apoya en contrafuertes y la casa parroquial situada en la parte posterior.
