Sant Miquel es una de las cuatro iglesias fortificadas que se construyeron en la isla, junto con las de Sant Jordi, Sant Antoni y Santa Eulària. Al igual que éstas, fue erigida tanto para atender las necesidades espirituales de la población como para protegerla ante las invasiones de corsarios turcos y norteafricanos. Sin embargo, el templo de Sant Miquel es insólito desde un punto de vista estructural, al ser el único de la isla que posee planta de cruz, en forma de tau («T»). El monte sobre el que se asienta es conocido como Puig de Missa, al igual que ocurre en Santa Eulària.
El templo original se levantó entre los siglos XIV y XV, sobre las ruinas de la antigua alquería árabe de Balansat, propiedad de una importante familia de origen mozárabe. En el siglo XVII se le añaden las dos hondas capillas laterales, llamadas de Benirràs (1690) y de Rubió (a partir de 1691). La primera, situada a la derecha de la nave principal, cuenta con bonitas pinturas al fresco, inspiradas en motivos religiosos, geométricos y florales, que están dedicadas a Jesús, como pone de manifiesto el anagrama central de la bóveda, «IHS», abreviatura griega de su nombre. Probablemente fueron realizadas por un fraile procedente del convento de Santo Domingo de Dalt Vila, cuya sala capitular está adornada con una decoración de idéntico estilo.
Recientemente se ha descubierto y restaurado una cenefa historiada que se distribuye a ambos lados de la nave principal y que los expertos han datado en el siglo XIX. La que está situada a la derecha, mirando desde el altar, narra una escena muy entrañable de la época, con un enfermo en peligro de muerte en una casa payesa, con una madre que espera junto a la puerta y dos familiares que acuden a la iglesia para solicitar la presencia del párroco. Éste acude al aviso montado en una mula, con sus ornamentos litúrgicos y acompañado por dos de los payeses. En la pared de enfrente, la cenefa está ilustrada con una escena marinera, que alude al apresamiento del navío británico Felicity, a manos de los corsarios ibicencos comandados por Antoni Riquer, a quienes rinde homenaje el Monumento a los Corsarios del puerto de Eivissa.
Ya en el siglo XVIII se le incorporó la casa parroquial sobre la bóveda del templo, con la idea de proteger también la residencia sacerdotal de posibles ataques piratas. Cuenta con porche, cisterna, un amplio patio enlosado precedido por tres arcos y cementerio anexo. Esta obra supuso la eliminación de sus características almenas, aunque todavía hoy, si se bordea el templo, puede apreciarse con nitidez su carácter de fortaleza. El campanario es la intervención más reciente, del siglo XIX.
La puerta principal de la nave era la entrada de los hombres, mientras que la lateral era la que usaban las mujeres. En 1785 se convirtió en parroquia, coincidiendo con la reorganización eclesiástica de la isla y su nueva condición de diócesis, tras la llegada del primer obispo de Ibiza, Manuel Abad y Lasierra. Desde la reconquista del siglo XIII hasta entonces, Ibiza había dependido de la Archidiócesis de Tarragona.